Cómo trabajamos un encargo de metagenómica agrícola

Qué entra y qué no en un informe de workflow

Antes de firmar cualquier propuesta conviene dejar por escrito los límites del trabajo. Estas notas resumen las interpretaciones que más dudas generan durante el proceso y que, si no se aclaran al principio, suelen acabar en discusiones a mitad de proyecto.

• Sobre la secuenciación y su resolución

  Trabajamos con marcadores como el 16S rRNA o con metagenoma completo según la pregunta planteada. La asignación taxonómica llega, en el mejor de los casos, hasta género; no prometemos especie ni cepa a partir de una muestra ambiental. Cuando el objetivo exige ese nivel, lo decimos antes de empezar y proponemos alternativas de cultivo o qPCR dirigida.

• Datos taxonómicos frente a datos funcionales

  Un perfil taxonómico indica qué grupos están presentes y en qué proporción relativa. Un perfil funcional señala qué rutas metabólicas podrían estar codificadas. Ninguno de los dos mide actividad real en campo. Si en la propuesta aparece la palabra "potencial", no es un matiz retórico: es una limitación metodológica que asumimos por escrito.

• Muestreo: responsabilidad compartida

  Indicamos protocolo de recogida, número de submuestras por parcela, conservación y envío. La ejecución del muestreo corre por cuenta del cliente o de su técnico de campo. Si las muestras llegan con cadena de frío rota, con peso insuficiente o con identificadores ambiguos, el análisis puede repetirse o descartarse, y eso afecta al calendario acordado.

• Plazos y dependencias externas

  Los tiempos que damos en la planificación asumen que la secuenciación se realiza en un proveedor con cola estándar. Retrasos del servicio de secuenciación, aduanas en envíos internacionales o incidencias en la recepción de muestras quedan fuera de nuestro control. Avisamos en cuanto detectamos una desviación y proponemos reajustar hitos, no compensaciones económicas.

• Qué no es una recomendación de biofertilización

  El informe describe el estado del microbioma y sugiere líneas de actuación coherentes con los datos. No es un recetario agronómico ni sustituye al criterio de un ingeniero agrónomo que conozca la parcela. Tampoco garantizamos mejoras de rendimiento, reducción de insumos ni efectos sobre la sanidad del cultivo: esas variables dependen de suelo, clima, manejo y variedad.

• Confidencialidad y uso de los datos

  Las secuencias crudas y los metadatos asociados se tratan como información confidencial del cliente. No se publican, no se ceden a terceros y no se reutilizan en estudios comparativos sin autorización expresa por escrito. Si el cliente quiere usar los resultados en una publicación científica, lo acordamos antes de iniciar el análisis para preparar la cesión de datos en el formato adecuado.