En AgroMente Bioanalytics leemos la comunidad microbiana de una parcela con secuenciación y bioinformática, y traducimos esos datos en preguntas útiles antes de decidir cualquier intervención en campo.
Trabajamos con muestras de viñedo, olivar, hortícolas y cultivo extensivo. Perfil taxonómico, anotación funcional y una lectura honesta de lo que los datos permiten afirmar y lo que no.
Tres entradas del cuaderno técnico y dos rutas de trabajo que suelen consultarse justo después de una primera lectura del sitio. No son atajos: cada una responde a una pregunta distinta sobre datos taxonómicos, función o diseño de intervención.
Qué se puede y qué no se puede concluir al leer una tabla de abundancias relativas del gen 16S en viñedo y olivar del Penedès.
Abrir la entradaMarcadores como nifH, amoA o nosZ describen potencial, no tasa medida. Conviene tenerlo claro antes de comparar parcelas.
Abrir la entradaUn orden de preguntas razonable antes de decidir una intervención microbiológica, sin promesas de rendimiento que los datos no sostienen.
Abrir la entradaDesde la recogida de muestras hasta la entrega del informe con perfiles taxonómicos y funcionales comentados.
Ver serviciosTrabajos con viñedo, olivar y hortícolas donde el punto de partida fue una pregunta concreta de manejo.
Ver casosSi aún no sabes qué tipo de análisis necesita tu parcela, en contacto te ayudamos a acotar la pregunta antes de presupuestar nada.
Modalidades de análisis metagenómico
No todas las parcelas necesitan lo mismo. Algunas preguntas se responden con un perfil taxonómico puntual; otras exigen seguimiento funcional a lo largo del ciclo. Estas son las tres vías de trabajo que planteamos, con distinto alcance, distinta carga de laboratorio y distinto nivel de acompañamiento posterior.
Secuenciación 16S rRNA sobre una muestra compuesta por parcela. Entrega de composición bacteriana a nivel de género cuando la resolución lo permite, índices de diversidad y comparación con el histórico disponible. Pensado para quien quiere una primera fotografía del suelo antes de decidir si merece la pena profundizar. Plazo habitual de entrega: tres a cuatro semanas desde la recepción de la muestra.
Ver alcance del perfilMetagenoma completo con anotación de genes implicados en ciclos de nitrógeno, fósforo y carbono. Se revisan marcadores como nifH, amoA, nirK o nosZ, siempre como potencial genético y nunca como tasa medida. Requiere definir antes qué procesos interesan, porque el informe se construye alrededor de esas preguntas. Incluye una sesión de lectura conjunta de resultados.
Consultar el enfoque funcionalMuestreos repetidos en el tiempo sobre las mismas parcelas, con protocolo de toma de muestra fijado para que las comparaciones tengan sentido. Útil cuando se quiere observar el efecto de un cambio de manejo o de una aplicación microbiológica concreta. No prometemos tendencias garantizadas: los datos muestran lo que muestran, y a veces la señal es débil o contradictoria. El valor está en la serie, no en un punto aislado.
Plantear un seguimientoSi dudas entre modalidades, en quiénes somos explicamos cómo trabajamos y qué criterios usamos para recomendar una vía u otra.
Trabajamos con muestras reales de parcela: extraemos ADN, secuenciamos y traducimos los perfiles taxonómicos y funcionales en algo que puedas discutir con tu técnico de campo. Sin promesas de rendimiento, sin atajos.
Secuenciación del gen 16S rRNA y del ITS para hongos, con clasificación hasta género cuando la resolución lo permite. Entregamos tablas de abundancia relativa, índices de diversidad y una lectura crítica de qué grupos dominan y qué no podemos afirmar con esos datos. Útil para comparar parcelas con manejos distintos o para fijar una línea base antes de cambiar prácticas.
A partir de metagenoma completo anotamos genes implicados en ciclos de nitrógeno, fósforo y carbono: nifH, amoA, nirK, nosZ, phoD, entre otros. Hablamos siempre de potencial genético, no de tasa medida. La diferencia importa y la explicamos en el informe para que nadie confunda presencia de un gen con actividad real en campo.
Cuando los datos justifican una intervención microbiológica, proponemos un orden de preguntas antes que una receta: coherencia entre perfil funcional y cultivo, condiciones edafoclimáticas, disponibilidad de productos contrastados y expectativas realistas. Si el perfil no sostiene una recomendación, lo decimos.
Repetimos muestreos en las mismas coordenadas para ver cómo evoluciona la comunidad tras un cambio de manejo, una rotación o una aplicación concreta. La estacionalidad afecta mucho en suelos mediterráneos y sin una serie temporal es fácil leer ruido como señal.
Sesiones de trabajo con equipos agronómicos para interpretar informes metagenómicos, entender sus límites y decidir qué preguntas merecen un análisis adicional. El objetivo no es que dependas de nosotros para leer un informe, sino que puedas discutirlo con criterio.
Puedes ver el detalle de cada línea en servicios o escribirnos desde contacto para plantear tu caso.